Fundado en el año 1917, tomando como base la donación efectuada por el Dr. Alejandro Gancedo en 1916. Posteriormente la misma fue enriquecida por las investigaciones de los hermanos Emilio y Duncan Wagner y en honor a ellos es el nombre que ostenta actualmente. El Museo de Ciencias Antropológicas y Naturales funcionó en un sector del teatro 25 de mayo hasta su traslado en el año 2010 hacia el Centro Cultural del Bicentenario.

Por la naturaleza de sus colecciones antropológicas y naturales, el museo posee un valioso patrimonio arqueológico, antropológico, etnográfico, paleontológico, botánico, zoológico y mineralógico. De éstas, la más numerosa es la arqueológica, que comprende fundamentalmente, materiales provenientes de complejos culturales y culturas de la llanura chaco- santiagueña, como Mercedes, Sunchitojoy y Averias. El periodo cultural abarca aproximadamente desde la llegada del español hasta los 6.000 años antes y demuestran el grado cultural de los indígenas que poblaron el territorio.