Hace ya muchos años que viene planteándose la cuestión de saber quién fundó la ciudad de Santiago del Estero y en que fecha, si fue Juan Núñez de Prado en 1.550 o fue Francisco de Aguirre en 1.553.

De acuerdo con la documentación lograda por el Dr. Roberto Levillier, Dr. Orestes Di Lullo y Fray Eudoxio de Jesús Palacio, se obtuvieron estas conclusiones:
Juan Núñez del Prado fundó en 1.550, dentro de la Jurisdicción del Tucumán, la ciudad “Del Barco”, en base de la provisión real otorgada por el Lic. Pedro de La Gasca .

Por múltiples razones, trasladó la ciudad “Del Barco y Nuevo Maestrazgo de Santiago”, asentándola en la margen derecha del Río del Estero (actual Río Dulce), en julio de 1.552

En febrero de 1.553, llegó a este tercer asiento Francisco de Aguirre, quién lo tomó por la fuerza, arrestando a Núñez de Prado y enviándolo a Chile, todo ello actuado por orden de Pedro de Valdivia
Al proceder así pretendía ampliar la jurisdicción chilena hacia el sur y el oriente. Valdivia y Aguirre violaron expresas disposiciones superiores que señalaban que si encontraban que otro hubiese fundado una ciudad dentro de su jurisdicción, debían esperar hasta que la Autoridad más alta resolviese. Por lo tanto, Aguirre usurpó el gobierno de la ciudad “Del Barco”

Después de un tiempo trasladó la ciudad, cambiándole el nombre (diciembre de 1.553), por lo que la Ciudad del Barco “jamás fue extinguida”

Aguirre no trajo mandato de fundar, sino de gobernar. Este cometió excesos en su actuación, por lo cual en 1.556, sus soldados lo entregaron al Santo Oficio y en 1.570 fue desterrado del Tucumán, muriendo en La Serena

La Audiencia de Lima ordenó a Núñez de Prado regresar para ser “restablecido con todos los honores en el gobierno”. Con esto quiso dejar en claro que la jurisdicción del Tucumán dependía del Perú y no de Chile

La Comisión Especial Nacional de la Academia Nacional de Historia, creada con motivo del festejo de los 400 años de Santiago del Estero, dictaminó que “debe tenerse como fundador de Santiago del Estero al insigne Capitán Don Juan Núñez de Prado y como fecha fundacional la del 24 de junio de 1.550 y señalar el 23 de diciembre de 1.553 como la correspondiente al traslado efectuado por Aguirre”

Afirma Luis C. Alén Lascano en su “Historia de Santiago del Estero” que, la figura de Francisco de Aguirre, generó una larga polémica, en torno a la fundación de Santiago del Estero. Se perfiló en su momento como conquistador y político. Hizo desaparecer la Ciudad del Barco y los recuerdos de Núñez de Prado, quien a juicio del Licenciado Gastón Doucet es el único fundador y que el 29 de junio de 1.550 debiera ser la fecha oficialmente conmemorada por los santiagueños.

Para los hombres de la época, El Barco y Santiago del Estero eran la misma cosa y no se asombraban del cambio de nombre ni de la mudanza del lugar, “contingencias propias de los azares fundacionales”. Aguirre llegó con intenciones concretas, encontrándose ante una dura opción: fundar una ciudad distinta o trasladar de sitio la existente y cambiarle también su nombre, para conciliar ambos propósitos. No pudo concretar lo primero porque necesitaba previamente declarar la formal extinción de la Ciudad del Barco, exponiendo razones poderosas que lo justificaran. Su traslado, aún con el cambio de nombre, no era un acto fundacional en sentido riguroso.

Lo realizó el 25 de julio de 1.553, fecha dada conocer por el historiador Alfredo Gárgaro y aceptada por un dictamen especial de la Academia Nacional de Historia, basado en las aseveraciones de los libros capitulares de 1.774 y en los endebles fundamentos asentados en las actas del Cabildo de Santiago del Estero. En lo esencial Gárgaro y la Academia Nacional tuvieron razón: los documentos rubricados por el escribano del Cabildo de Santiago del Estero en 1.590 extractados de sus actas capitulares informaban que el 25 de julio de 1.553 Francisco de Aguirre “mudó esta Ciudad y le puso por nombre Santiago”. Esta fecha, de este modo, quedó confirmada en su verdad histórica, treinta y siete años después de los acontecimientos.